Volocity バージョンアップ情報 - PerkinElmer Japan

Volocity バージョンアップ情報

Volocity™がVersion 6.3にアップデート 2013/7/19

 

Volocity™ 6.3 は、Windows 7 (32 bit & 64 bit), Windows XP (32 bit & 64 bit), Macでご利用いただけます。

Mac版Volocity™ 6.3 をご利用いただくには、Mac® OS X 10.6 以上が必要です。Mac OS 10.7.0 はサポート対象外です。10.7.1 以降をお使いください。10.9 以上については、今後対応する予定です。
また、Version 6.3 は、Mac OS 10.6、およびWindows XPをサポートする最終バージョンになります。今後は、上記OSをサポートしなくなりますのでご留意ください。

Volocity 6 では、Volocity Quantitation の機能を大幅に改善しています。そのため、Volocity 6 で作成・編集されたプロトコルは、Volocity 5 以前のバージョンでは扱えません。ご注意ください。

 

Windows版Volocityをご使用の方へ:
Version 6.2.1 以前の Windows版Volocity を利用し、NVIDIA社製グラフィックカードで Make Movie を実行した際、ムービーの一部が正常に作成されないことがある不具合が見つかりました。
この不具合は、NVIDIA社製のグラフィックボードにおいてのみ発生します。パーキンエルマーは、この不具合への対応をバージョン6.3で行いました。

つきましてはWindowsとNVIDIA社製グラフィックボードをご利用の方には、同不具合の発生を防ぐため、1) Version 6.3へアップデートする、あるいは2) グラフィックカードをAMD社製Radeonシリーズに換えることをお勧めいたします。

この件に関してご不明な点がございましたら、パーキンエルマーまでお問い合わせください。

 

Version 6.3 で追加・変更された主な機能は、以下となります。

  1. 新しいファイル形式のサポート:Zeiss CZI, Nikon ND2 (Mac)
  2. Tiffのエキスポートの変更
  3. Library にあるファイルから、Image Sequence の作成が可能に

最新バージョンの6.3は、こちらから、ダウンロードできます。

 

  1. 新しいファイル形式のサポート:Zeiss CZI, Nikon ND2 (Mac)

バージョン6.3 から、Zeiss CZI 形式をサポートいたします。また、以前のバージョンでは Windowsでしか利用できなかった Nikon ND2 形式も、Mac版でサポートを開始します。

  1. Tiffのエキスポートの変更

3種類あったTiffのエキスポート方法をまとめ、Item as Tiff/View as Tiffとして一元化しました。エキスポートするTiffの種類は、オプションから選択できるようになります。

Tiffのエキスポート方法

  1. Libraryにあるファイルから、Image Sequenceの作成が可能に

ライブラリから Image Sequence が直接作成できるようになりました。立体化をしたい画像をライブラリ上で選択後、右クリックメニューのCreate New から Image Sequence from Selection をクリック、あるいはメニューバーの Actions から”Image Sequence from Selection” を選択してください。

より詳しい情報はこちら(英語)をご覧いただくか、弊社営業までご連絡ください。

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Volocity™がVersion 6.2にアップデート 2012/11/19

 

Volocity™ 6.2 は、Windows 7 (32 bit & 64 bit), Windows XP (32 bit & 64 bit), Macでご利用いただけます。

Mac版Volocity™ 6.2をご利用いただくには、Mac? OS X 10.6 以上が必要です。MacOS10.7.0 はサポート対象外です。10.7.1以上をお使いください。10.9以上については、今後対応する予定です。

Volocity 6では、Volocity Quantitationの機能を大幅に改善しています。そのため、Volocity 6で作成・編集されたプロトコルは、Volocity 5以前のバージョンでは扱えません。ご注意ください。

 

Version 6.2で追加・変更された主な機能は、以下となります。

  1. ドリフトの補正:Movement Correction
  2. Volocity Visualizationでマニュアル測定が可能に
  3. OperaとOperettaのPSF作成が簡単に
  4. Harmonyのイメージをステッチング
  5. Measurement Itemは元画像の下に作成
  6. Zeiss ZVI、Leica LIFファイルのインポートを改善

 

  1. ドリフトの補正:Movement Correction

タイムラプス撮像時に起こるサンプルのドリフトを補正する Movement Correction が利用できます。Toolsメニューの Correct Movement をクリックしてください。

Correct Movement

Guide channel には、“動かない”構造があるチャネルを選択してください。

 

ドリフトの補正の例は、弊社Lab of the Monthでもご確認できます。リンク先の一番下にあるムービーをご覧ください。
Research Group of Professor Per-Olof Berggren, University of Miami and the Karolinska Institute

  1. Volocity Visualizationでマニュアル測定が可能に

Visualizationでも、マニュアル測定が可能になりました。ROI の体積や線分の長さを計測できるようになります。

2.	Volocity Visualizationでマニュアル測定が可能に

  1. OperaとOperettaのPSF作成が簡単に

弊社ハイコンテンツイメージングシステムOperaOperettaのPSF作成が容易になります。

OperaとOperettaのPSF作成が簡単に

これにより、ハイコンテンツシステムで撮影した画像でも、より正確な3次元での定量が可能になります。

  1. Harmonyのイメージをステッチング

VolocityでHarmonyのXYデータを取り込むことにより、Harmonyで撮像したイメージのステッチングが、より効率的に行えるようになりました。例えば、組織切片の解析などがより簡単に行えるようになります。

  1. Measurement Itemは元画像の下に作成

これまでMeasurement Itemは、ライブラリの一番下に作成されていましたが、6.2からは、解析した画像の下に作成されるようになります。

Measurement Itemは元画像の下に作成

より詳しい情報はこちら(英語)をご覧いただくか、弊社営業までご連絡ください。

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Volocity™がVersion 6.1にアップデート 2012/4/24

 

Volocity™ 6.1 は、Windows 7(32 bit & 64 bit)、Windows XP(32 bit & 64 bit)、Macでご利用いただけます。

Mac版Volocity™ 6.1をご利用いただくには、Mac? OS X 10.5.8 以上が必要です。Lion(Mac OS 10.7)をお使いの方は、10.7.1 以上をお使いください。

Volocity 6では、Volocity Quantitation の機能を大幅に改善しています。そのため、Volocity 6で作成・編集されたプロトコルは、Volocity 5以前のバージョンでは扱えません。ご注意ください。

 

Version 6.1で追加・変更された主な機能は、以下となります。

  1. 複数のフィールドを3Dでタイリングするイメージステッチングが可能に
  2. 距離の測定をフィードバックし、3D画面上で表示
  3. Measurementsに平均値や最大・最小値を一覧できるSummaryタブが追加
  4. その他

 

  1. 複数のイメージを3Dでタイリングするイメージステッチングが可能

複数のオーバーラップする画像を繋ぎ合わせるステッチング機能が追加されました。3D画像でも2D画像でもご利用いただけます。


Hoechst、MitoTracker Red、Tublin (FITC)の三重染色。40倍で撮影された63視野のZスタック画像を、Volocityでステッチングした。左下のスケールバーは、200 µm。

Volocityのステッチングは、ボタン一つで実行できます。パーキンエルマーが開発した、優れたパターンマッチング機能を利用し、画像の並び順はもちろん、バックグラウンドの補正や、明るさの調整なども、自動で行います。

  1. 距離の測定をフィードバックし、3D画面上で表示

バージョン6.0から追加され、ご好評をいただいている距離の測定に、新しく測定のフィードバック機能が追加されました。この機能により、どこからどこまでの距離を測定しているのかが、3Dあるいは2D画面上に表示されるため、一目で確認できます。

この機能は、Measurementsメニューの Feedback Options にあるRelationships のタブから設定できます。

  1. Measurementsに平均値や最大・最小値を一覧できるSummaryタブが追加

Volocity Quantitationで定量した数値データの、個数や平均、最大・最小をバージョン6.1から簡単にレビューできるようになります。画面下に表示される数値データ追加された、Summaryタブをクリックしてください。結果を一覧できるので、解析結果がより簡単に把握できるようになります。

  1. その他
  1. スケールバーの2次元表示の改良:ズームによるリサイズ機能が追加
  2. Opacityレンダリング:バックグラウンドや明るさの自動調整
  3. 新しい測定パラメータの追加:Longest AxisとPolarity
  4. 共局在解析の自動閾値設定のパフォーマンスが改善*

*Reference
S. V. Costes, D.Daelemans, E. H. Cho, Z. Dobbin, G. Pavlakis & S. Lockett
Automatic and Quantitative Measurement of Protein-Protein Colocalization in Live Cells
Biophysical Journal 2004 Vol. 86, pp. 3339-4003

 

より詳しい情報はこちら(英語)をご覧いただくか、弊社営業までご連絡ください

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Volocity™がVersion 6にアップデート 2011/9/15

 

Volocity™ 6.0は、Windows 7(32 bit & 64 bit)、Windows XP(32 bit & 64 bit)、Macでご利用いただけます。

Mac版 Volocity™ 6.0をご利用いただくには、Mac® OS X 10.5.8 以上が必要です。
Mac OS X 10.7(Lion)をお使いの方は、10.7.1以降にアップデート後のご利用を推奨します。

Volocity 6.0では、Volocity Quantitation の機能を大幅に改善しています。そのため、Volocity 6.0で作成・編集されたプロトコルは、以前のバージョンでは扱えません。ご注意ください。

 

Version 6.0で追加・変更された点は以下の通りです。

  1. Quantitation の更新
  2. FRAP Plug-in の追加
  3. その他

 

  1. Quantitation の更新

Quantitation のインターフェイスが整理され、より簡単に解析プロトコルを作成できるようになります。

Populations

6.0から定量の際にはPopulationという考えを導入します。Populationとは、[Find Objects] で自動認識されたオブジェクト全体を指します。たとえば、緑のチャネルで [Find Objects] をすると、Population 1となり、次に赤いチャネルで [Find Objects] をすると、Population 2となります。Populationの導入により、複雑な解析がわかりやすくなります(次項参照)。

Populations [Find Objects]

Populationは、リザルトパネル(数値データ)にあるDisplayでレビューすることができます。また、Populationの名前は変更できます。Nucleus やMitochondira とつけると生物学的に分かりやすい解析プロトコルが組めます。

Populations Display

 

新しい解析方法

新しい解析タスクが追加され、Relatingというカテゴリが作られました。これらのタスクを使うと、2つの Population 間の関連性の定義や定量ができます。

[Compartmentalize] というタスクは、2つの Population 間の関係性を調べます。これを利用すると、たとえば、細胞内にあるベシクルの数や、核内にある Foci の数が簡単に定量できるようになります。また、組織にある核の数などにも応用することができます。

Compartmentalize

Measurements

[Measure Distance] というもう一つのタスクを利用すると、Population 間の距離を測ることができます。距離は、最短、最長、平均、標準偏差を測れます。また、上記の [Compartmentalize] と組み合わせることで、核や細胞ごとに限定した距離の計測も可能です。

Measure Distances

さらに Volocity 6.0では、マルチプロセッサーをより効率よく使用するように解析アルゴリズムを改良したため、解析時間が短縮されます。

  1. FRAP Plug-in の追加

バージョン 6.0 から、FRAP解析が可能になりました。画像データをインポート後、[Set FRAP Parameters] ダイアログで、ブリーチング領域と時間を入力して下さい。Volocity Quantitation を利用し、解析が可能になります。FRAP解析には、Volocity Quantitation の他にFRAP Plug-in が別途必要となります。

Set FRAP Parameters

  1. その他
  1. 4 GBを超えるZeiss社のLSMファイルの読み込みが可能になりました。
  2. 画像のエキスポート機能がより使いやすくなりました。

    画像のエキスポートをするときに、[Item as TIFF for Publication] 等を選択後、[Options…] ボタンをクリックします。
    すると、左のようなオプションダイアログが開きます。チャネルやZ スタックのアウトプット方法をこのダイアログで選択できるようになりました。

    Options

  3. 色の変更ダイアログが便利になりました。

    Change Colors

  4. Customer Experience

    複数のチャネルがあるファイルでも、一回の [Change Colors] で色の変更が可能になりました。

    Improvement Program

    パーキンエルマーは、カスタマーエクスペリエンス向上プログラムを通して、Volocityの改善に取り組んでいます。お使いのシステムに関する情報を送信していただくことにより、今後の開発の参考といたします。もちろん、このプログラムは匿名で参加していただけます。
    このプログラムへの参加は、スタートアップ画面か、Editメニューの[Preferences]から設定できます。

    Customer Experience Improvement Program

 

より詳しい情報はこちら(英語)をご覧いただくか、弊社営業までご連絡ください

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VolocityがVersion 5.5 にアップデート 2011/6/21

 

Version 5.5で追加・変更された点は以下の通りです。

  1. Visualization の強化
  2. Quantitation の強化

 

  1. Visualizationの強化

Movement Correction機能の追加:温度変化などによる顕微鏡のドリフトや測定サンプルの不慮の移動を自動的に補正する機能です。この補正機能を使用することで、より正確に測定データの解析を行うことができます。特にFRAP (Fluorescence Recovery after Photoblieaching)解析やトラッキング解析時に有効です。

Correct Movement

 

[Tools] > [Correct Movement…] で Correct Movement ウインドウが開きます。
補正するチャネルとスライス面を決定し、Correctボタンを押すと自動で、補正します。

Region of interest (ROI)の強化:ROIで領域を指定時に、ROIのエリア情報が表示されるようになりました。さらに、[Edit] > [ROI] から、ROIの保存や複製、複数ROI の merge などが行えるようになりました。また、いくつかはショートカットキーを利用できます。

Region of interest
コマンド ショートカットキー 機能
Grow   拡大
Shrink   縮小
Merge (Ctrl + Shift + M) 複数のROIをつなげる
Intersect (Ctrl + Shift + I) 複数のROIの共通範囲を残す
Subtract (Ctrl + Shift + S) 選択範囲から削除
Duplicate (Ctrl + Shift + D) 選択範囲を複製
  1. Quantitationの強化

Find Objects 機能の改良:新しいFind Objectsは、迅速に、かつ、正確に、目的のオブジェクトを検出できるようになりました。

Find Objects

プロトコルタスクのFind Objectsを定量プロトコルに移動させ、検出したいオブジェクトがあるチャネルを選択します。

Find Objects Channel

自動的に、オブジェクトを抽出します。

微調整するときはFind Objectの横にあるダイアログボタン(歯車のアイコン)を押し、表示されるウインドウから調整します。

Find Spot Task 機能の追加:新しいFind Spotsは、画像上のシグナル強度の強いスポットを自動的に抽出します。微調整するときはFind Spotsの横にあるダイアログボタンを押し、調整します。

Find Spots

 

より詳しい情報はこちら(英語)をご覧いただくか、弊社営業までご連絡ください

 

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VolocityがVersion 5.4 にアップデート 2010/8/4

 

Version 5.4で追加・変更された点は以下の通りです。

  1. 対応可能なファイル形式の増加
  2. Acquisition の強化

 

  1. Version 5.4では、より多くのファイル形式へ対応しました。
  • インポート可能なファイル形式が追加されました。
    • Zeiss AxioVision (ZVI)
    • Metamorph 7.5 (.stk &. nd)
    • Olympus Cell R (.tiff)
    • PerkinElmer Harmony (.tiff)
  • MatLab形式へのアウトプットが可能となりました。
    (注)MatLabについては、こちらにてご確認ください。
  1. Acquisition で、以下のハードウェアのサポートを開始しました。
  • Zeiss Axiolmager Z2 Microscope
  • Prior Lumen LED fluorescence illuminator

Volocity Acquisitionがサポートしている顕微鏡と周辺機器に関する情報は、弊社Supportのページから、”Volocity Supported Hardware”をご確認ください。

 

より詳しい情報はこちら(英語)をご覧いただくか、弊社営業までご連絡ください

 

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VolocityがVersion 5.3 にアップデート 2009/12/18

 

Version 5.3 で追加・変更された点は以下の通りです。

  1. Windows 7に正式対応
  2. Visualizationの強化
  3. Acquisitionの強化

 

  1. Windows 7に正式対応しました。

(注)Acquistionをお使いの方へ:サードパーティのドライバが未対応の場合が多いため、Windows 7ではAcquisitionの機能の一部がご利用いただけないことがあります。十分ご確認のうえご利用ください。

 

  1. Visualizationにタイルチャネルビュー等を追加し、機能を拡張しました。

タイルチャネルビューは、各チャネルを同時に表示させる機能です。チャネル間での比較が簡単にできるようになります。

 

タイルチャネルビューのオン・オフは、Modeのドロップダウンリストの右隣りにある「Tile Channels」のアイコンで行います。

 

Zプレインビューは、中央の図のように、Zプレインの画像を同時に表示する機能です。

 

 

この機能は、Modeのドロップダウンリストから選ぶことが可能です。

 

ツールバーのメニューが整理され、わかりやすくなりました。

 

スケールや時間等の表示・非表示は、ツールバー[Image] > [Display] にまとめられ、わかりやすくなりました。

 

 

  1. Acquisitionの強化
  • ライブ3Dイメージングが可能に
    撮ったイメージをすぐ3次元化し、イメージの確認ができます。
  • 2個のカメラによる同期撮影をサポート
    横河製CSU-X1 A3を使うと、同期撮影が可能になります。
  • TTLをサポート
    TTLを利用する機器の操作が可能になります。
  • インターフェイスの改良による使いやすさの向上
    より使いやすいインターフェイスになり、撮影の自動化が簡単にできるようになります。

 

Volocity Acquisitionがサポートしている顕微鏡と周辺機器に関する情報は、弊社Supportのページから、”Volocity Supported Hardware”をご確認ください。

 

より詳しい情報はこちら(英語)をご覧いただくか、弊社営業までご連絡ください